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跟随记者兼研究员凯尔·布洛克的旅程，探寻“最佳微生物组”是否真的存在。他从澳大利亚前往纳米比亚，与桑人——一个传统上生活在这片土地上的古老狩猎采集民族——一起生活。在旅途中，布洛克监测自己的微生物组及其如何随着新环境的变化而变化，并采集桑人的微生物组样本，以评估不同文化中微生物组的显著差异。在著名胃肠病学家托马斯·博罗迪教授、分子遗传学家玛吉·史密斯博士、免疫学研究员兼专家米米·唐教授、自然疗法师兼脊椎按摩师达米安·克里斯托夫博士等专家的评述下，《肠道电影》以深刻而有趣的视角，展现了肠道及其对人类健康影响的爆炸性研究。
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